Sarutobi, der dritte Hokage, und seine früheren Teamkameraden, Homura Mitokado und Koharu Utatane, waren Schüler des Ersten und Zweiten Hokage. Wegen seinem Nachnamen, Sarutobi, nannten ihn der Erste und der Zweite "affig" Später war er der Meister von Jiraiya, Orochimaru und Tsunade, welche zu den "Drei Legendären Ninja" wurden. Er ist der Vater von Asuma Sarutobi.
Der Dritte wurde wegen seines enormen Wissens über Jutsu Professor genannt. Während des einzigen Kampfes, in dem er zu sehen ist, benutzt er eine Vielzahl von Attacken, die auf Feuer und Erde basieren. Zusätzlich zu diesen Jutsu kann er eine Neutralisierungstechnik anwenden, die ihm erlaubt, den gegnerischen Angriff zu stoppen bzw. zu verhindern, indem er gleich viel Chakra benutzt. Nachdem er ein Shuriken auf seinen Gegner geworfen hat, kann er Shuriken Kage Bunshin no Jutsu anwenden. Der Dritte kann zudem den Affenkönig Enma beschwören, der sich in einen Stab verwandeln kann, mit dem der Dritte perfekt umgehen kann. Trotz all dieser Fähigkeiten war der Dritte ein wenig lüstern, denn er verbrachte eine Menge Zeit damit, junge Frauen zu beobachten. Als Jiraiya noch sein Schüler war, bot er ihm an, ein Jutsu zu erlernen, dass es ihm ermöglichte, unbeobachtet zu spannen.
Als Orochimaru noch sein Schüler war, wollte der Dritte ihn zu seinem Nachfolger ernennen, doch mit der Zeit merkte er, dass Orochimaru nur Hokage werden wollte, um an Macht zu gelangen. So übergab der Dritte den Titel an Minato Namikaze. Nach Minatos Tod übernahm wieder der dritte die Rolle als Leiter Konohas. Er fing an, die Quelle des Verschwindens einiger Ninja zu suchen und fand sie in Orochimaru. Er war aber nicht dazu fähig, ihn aufzuhalten und so konnte dieser fliehen. Jahre später griff Orochimaru Konoha an, um seinen ehemaligen Meister zu töten. Im Kampf beschwor Orochimaru den Ersten und Zweiten Hokage, die der Dritte mit dem Todesdämonensiegel, das dem Gegner die Seele entzieht, besiegte. Er hatte das gleiche mit Orochimaru vor, konnte es aber wegen seiner Verletzungen nicht. Er schaffte es aber noch, Orochimarus Arme untauglich zu machen. Nach dem Kampf starb Sarutobi.